La caratteristica che accomuna tutta la regione è la presenza di rocce calcaree affioranti; fa eccezione la zona compresa tra Campione, Rovio e Melano dove affiora il substrato più antico di origine vulcanica. L'uniformità geologica è ancora più marcata in quanto, fatta eccezione per la parte inferiore del corso della Breggia a Sud di Castel S. Pietro, tutta l'area compresa tra i due laghi è interamente composta da calcare selcifero lombardo.
Questo calcare si è formato in un antico mare 190-150 milioni di anni fa, è di colore blu-grigio e grigio giallastro nelle regioni più elevate, si presenta ben stratificato e contiene delle liste e dei noduli di selce.
Il notevole spessore di questo calcare è ben visibile sul fianco occidentale del Monte Generoso. L'uso diffuso di questa roccia per muri a secco e tetti in piode conferiva unità anche all'insediamento tradizionale.

La presenza di calcare ha una conseguenza molto importante sulla circolazione dell'acqua nella regione. L'acqua meteorica, leggermente acida, scioglie il calcare, allarga le fessure presenti nella roccia e da luogo ad un intricato e complesso sistema sotterraneo di cavità, cunicoli comunemente chiamate grotte.
Il processo di dissoluzione del calcare viene indicato col termine di carsismo.