Di grande interesse geologico sono le gole all’altezza di Castel S. Pietro e Morbio Inferiore. La salvaguardia e la valorizzazione di questo patrimonio naturalistico sono affidati al Parco della Breggia. Allo sbocco della Valle il fiume descriveva ampi meandri oggi scomparsi in seguito alle opere di correzione.
Il percorso della Breggia ha subito delle variazioni col passare delle epoche geologiche.
Il cambiamento più importante è avvenuto nella parte bassa della valle. Nel Pliocene (circa 2 mio di anni fa) da Morbio Superiore nella zona della Valle della Creda il torrente si dirigeva verso Olgiate Comasco.
Solo più tardi il passaggio verso Sud venne ostruito e la Breggia fu costretta a dirigersi verso Cernobbio.

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